已是清華大學科技創(chuàng)業(yè)者協(xié)會會長的倪正東在向團中央?yún)R報后，便開始著手籌劃首屆“挑戰(zhàn)杯”大學生創(chuàng)業(yè)計劃競賽。
   
　　1999年2月，“挑戰(zhàn)杯”在清華大學拉開帷幕，全國120多所高校參賽，共拿出400件作品。那次比賽不僅在全國高校中掀起了一輪創(chuàng)業(yè)熱潮，還孕育出一批高科技公司，如易得方舟、視美樂等。與一般大學創(chuàng)業(yè)計劃大賽的“紙上談兵”不同，第一屆“挑戰(zhàn)杯”開創(chuàng)了中國大學生創(chuàng)業(yè)同風險投資相結(jié)合的先例——視美樂得到上海第一百貨股份有限公司5250萬元的風險投資。

　　此時，出國求學不再是倪正東的理想，風險投資的魅力已深深吸引了他。連續(xù)組織了兩屆校園創(chuàng)業(yè)大賽，倪正東決定親自嘗一嘗創(chuàng)業(yè)的滋味。

　　1999年，倪正東和4名清華校友共同創(chuàng)辦了北京清科信息咨詢有限公司，目標是做“具有影響力的創(chuàng)業(yè)投資增值服務(wù)機構(gòu)”，為創(chuàng)業(yè)者和投資人提供相關(guān)服務(wù)。

　　然而這家年輕的公司在成立伊始就面臨著一次巨大的考驗。2000年，隨著互聯(lián)網(wǎng)泡沫的破裂，風險投資公司開始對自己的一舉一動小心翼翼，那些年輕的高科技公司也不知道該從哪里尋求幫助。

　　中國互聯(lián)網(wǎng)資深人士方興東曾這樣描述，“短短一年內(nèi)，中國互聯(lián)網(wǎng)就從狂熱到冰冷，從熱捧到抨擊，從掌聲到唾罵，從得意到失意，走完了兩個極端之間的全部歷程。”在這樣的大背景下，清科的幾個創(chuàng)始人相繼離開，只留下倪正東一個CEO堅持到了最后。

　　不過倪正東覺得，值得慶幸的也是他的堅持，而每當有創(chuàng)始人離開，倪正東就會把對方手里的股份購買過來。倪正東回憶，公司最慘的時候，算上他一共只有3個人。當清科一度面臨資金危機，快要發(fā)不出工資時，倪正東的哥哥借給他3萬元，才使得清科順利度過了那段艱難時期。

　　倪正東始終認為，自己當初能早于他人接觸風險投資并從事與之相關(guān)的工作是非常幸運的，而他后來的堅持也是正確的。對于當時的市場形勢，倪正東的判斷是：中國未來要發(fā)展新經(jīng)濟，會有更多的企業(yè)家出現(xiàn)，而所有這些都離不開風險投資。創(chuàng)業(yè)投資已經(jīng)在美國、歐洲等發(fā)達國家和地區(qū)被證明是成功的，因此未來在中國也將大有作為。

　　后來的事實證明，倪正東的推論是正確的，當初的“一步先”也讓清科在其所處的行業(yè)中一直保持著領(lǐng)先的地位。

　　2000年下半年，清科成立了研究部，2001年推出了中國第一份創(chuàng)業(yè)投資報告，并在業(yè)內(nèi)獲得了好評。直到現(xiàn)在，創(chuàng)投行業(yè)依然在廣泛引用清科每月推出的數(shù)據(jù)報告。

　　從2001年開始，清科每年都會召集風險投資業(yè)內(nèi)人士舉辦創(chuàng)投年會。盡管2001年整個互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)處于低潮之中，但依然有180多人報名參會，國內(nèi)幾乎所有的VC都出席了那次會議。

　　倪正東還記得那是寒冷冬日里的一天，大家共聚一堂暢議中國風險投資的未來，也正是那次會議為清科帶來了良好的口碑以及深厚的人脈。清科與眾多VC以及尋找出路的企業(yè)家共同度過了最艱難的一段時光，倪正東說，“現(xiàn)在我們和他們中的很多人仍然保持著很好的聯(lián)系。”而直到今天，會展也依然是清科的重要業(yè)務(wù)之一。

　　除了數(shù)據(jù)報告和會展服務(wù)兩項業(yè)務(wù)，2006年，清科還成立了一支創(chuàng)業(yè)投資基金——“清科創(chuàng)投”，這使得清科服務(wù)商的角色也發(fā)生了一些變化，由專一的中介變成了中介與直接投資商雙重角色。