1957年8月31日，聯(lián)盟主席東姑阿都拉曼宣布馬來亞獨(dú)立。馬來文成為國語，回教成為國教。東姑阿都拉曼出任第一屆的首相，并被稱為國父。

    在北婆羅洲方面，沙巴從1882年就被英北婆羅公司統(tǒng)治，直到日本軍隊(duì)在第二次世界大戰(zhàn)攻入占領(lǐng)為止。砂勞越則是英人查爾斯布洛克和汶萊蘇丹協(xié)議下所建立起來的白人拉惹布洛克的天下。從1840年直到1942年，它都由布洛克家族所控制。在世界大戰(zhàn)過后，沙巴及砂勞越正式成為英國殖民地。

    1963年，馬來亞聯(lián)同新加坡、沙巴及砂勞越組成了馬來西亞聯(lián)邦。但1965年，由于東姑阿都拉曼及李光耀的政治分裂，新加坡宣布退出馬來西亞。

    1969年的全國大選成績，顯示人民對聯(lián)盟的支持急劇下降，反對黨所獲得的席位劇增。雖然聯(lián)盟仍然控制聯(lián)邦政府，但失去了吉蘭丹州政權(quán)，并在多個(gè)州議會(huì)里面對強(qiáng)大的反對黨勢力。1969年5月13日，反對黨的勝利游行在不同種族的相互嘲諷及挑釁的過程中，演變成種族沖突及流血事件，造成百多人喪失生命，無數(shù)財(cái)產(chǎn)被摧毀。此歷史事件被成為513事件。

    1970年，馬來西亞宣布實(shí)施為期廿年的新經(jīng)濟(jì)政策，其目的是要消除貧窮，重組社會(huì)，以拉近貧富的鴻溝。但這項(xiàng)政策所實(shí)行的固打制，也使到非馬來人社會(huì)非常不滿。

    1972年，第二任首相敦拉薩改變了外交政策，開始和共產(chǎn)國家接觸，并致力使東南亞成為和平、自由及中立的區(qū)域。1974年，敦拉薩訪問中國，兩國的邦交自此一直密切發(fā)展至今。

    1970年代，馬來西亞開始其工業(yè)化計(jì)劃。新經(jīng)濟(jì)政策廿年的成果，已經(jīng)使到馬來人的經(jīng)濟(jì)地位大大提升。1991年，第四任首相馬哈迪醫(yī)生宣布推行為期三十年的2020宏愿計(jì)劃，致力使馬來西亞在2020年成為先進(jìn)國。

    直到目前為止，馬來西亞仍然以每年超過8％的成長率發(fā)展，成為其中一個(gè)世界上成長得最快的國家。目前馬來西亞共有十三個(gè)州，兩個(gè)聯(lián)邦直轄區(qū)。其首都為吉隆坡，是其中一個(gè)聯(lián)邦直轄區(qū)。